比較13種不同的CRISPR-Cas9剪刀

【字體: 時間:2020年06月30日 來源:

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  這項研究超過了以往只最多評估三個Cas9系統的報告。新研究比較了13個SpCas9變體,并確定了哪四個核苷酸序列可以用作原間隔區相鄰基序(PAM)。

  

CRISPR-Cas9已成為切割特定DNA序列最方便、最有效的生物技術工具之一。從化膿性鏈球菌Cas9(SpCas9)開始,世界范圍內已經有許多變種被設計并用于實驗。盡管所有這些系統都是靶向和切割特定的DNA序列,但它們也表現出相對較高的非靶向活性,具有潛在的有害影響。

由Hyungbum Henry Kim教授領導的基礎科學研究所(IBS,韓國)納米醫學中心的研究團隊,對CRISPR-Cas9的活性進行了最廣泛的高通量分析。研究小組開發了基于深度學習的計算模型,可以預測不同DNA序列的SpCas9變體的活性。這項研究發表在《Nature Biotechnology》雜志上,為選擇最合適的SpCas9變體提供了有用的指導。

這項研究超過了以往只最多評估三個Cas9系統的報告。新研究比較了13個SpCas9變體,并確定了哪四個核苷酸序列可以用作原間隔區相鄰基序(PAM)。

此外,他們評估了六種不同的高保真SpCas9變體的特異性,發現evoCas9的特異性最高,而原始野生型SpCas9的特異性最低。盡管evoCas9是非常特異的,但它在許多靶序列上也顯示出低活性:這些結果暗示,根據DNA靶序列,其他高保真Cas9變體可能是首選。

基于這些結果,IBS研究人員開發了DeepSpCas9variants,一種預測SpCas9變體活性的計算工具。通過訪問這個公共網站,用戶可以輸入所需的DNA目標序列,找出最合適的SpCas9變體,并充分利用CRISPR技。(http://deepcrispr.info/DeepSpCas9variants/

“我們開始這項研究時,我們注意到在不同的SpCas9變種之間缺乏系統的比較,”Kim說。“現在,研究人員可以使用DeepSpCas9variants,為自己的研究目的選擇最合適的SpCas9變體。”

原文檢索:Prediction of the sequence-specific cleavage activity of Cas9 variants

(生物通:伍松)

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